Le prime idee di organizzare un festival organistico presso la Cattedrale di San Giusto di Trieste risalgono a circa il 1972 con mons. Antonio Santin: lo strumento della Cattedrale - l'Organo Mascioni del 1922 op. 345 - era però in decadimento. In seguito al restauro ed ampliamento dell’organo – avvenuti nel 1978 – il 15 settembre dello stesso anno prese avvio la prima edizione del Settembre Musicale, sotto la Direzione Artistica del M° Emilio Busolini, allora organista titolare della Cappella Civica della Cattedrale di San Giusto di Trieste. Il concerto inaugurale vide protagonista uno dei maggiori nomi dell’epoca, il M° Ferruccio Vignanelli, iniziando fin da subito a ricercare l’eccellenza nella qualità artistica proposta.

Pur nascendo come festival organistico, già dalla seconda edizione il Settembre Musicale vide l’introduzione di un complesso cameristico ad accompagnamento dell’organista titolare della Cappella Civica di allora, Lino Falilone, nell’esecuzione di due concerti di Haendel.

Nel corso della storia successiva del Settembre le esibizioni della Cappella Civica, del suo direttore e del suo organista sono diventate così frequenti da diventare abituali, ma spesso sono stati ospitati altri organici corali, cameristici e sinfonici di grande prestigio provenienti da altre parti d’Italia e dall’estero.

La vocazione principale del Settembre rimane però quella organistica che si sostanzia sia nel recital solistico sia in piccole formazioni cameristiche; quasi tutti i più celebrati organisti del panorama nazionale, europeo ed internazionale dell’ultimo mezzo secolo si sono seduti, anche più volte, alla consolle dell’organo Mascioni di San Giusto, fino a comprendere nomi della passata generazione ormai divenuti quasi mitici come quelli, ad esempio, di Marie Claire Alain, Jean Langlais, Lionel Rogg, Renè Saorgin, Hans Haselböck, Michael Radulescu, Daniel Roth, Monica Henking, Werner Jacob, Christopher Stenbridge, Arturo Sacchetti e molti altri ancora, fino ad arrivare ai grandi dei giorni nostsri come Ludger Lohmann, Andrea Macinanti, Andreas Jacob, Roberto Antonello.

Molte sono state le occasioni in cui, oltre al repertorio storico, si è eseguito repertorio contemporaneo e frequenti sono state le prime esecuzioni, assolute, italiane o cittadine, non solo di opere di autori locali o dovuti alla penna del direttore della Cappella Civica in carica, ma anche di compositori esteri.

Alcune edizioni sono state legate a particolari ricorrenze, citiamo, a titolo d’esempio:

- quella del 1986 dedicata a Liszt nel centenario della morte in cui furono eseguite dalla Cappella Civica la sua “Via Crucis” e la sua “Missa Choralis”;

- quella del 1987 con la riesumazione e prima esecuzione in tempi moderni dell’oratorio “Tobias” (con la partecipazione corale della Cappella Civica) per soli, coro ed orchestra (orchestra da camera di Budapest) del maestro ottocentesco di San Giusto Giuseppe Farinelli;

- quella del 2015 dedicata alla musica (vocale, corale, liturgica ed organistica) di Marco Sofianopulo ad un anno dalla sua scomparsa.

Dal 2018 il Settembre Musicale si è arricchito della collaborazione dell’Accademia Organistica Tergestina: da quell’anno, infatti, l’Accademia ha affiancato al concerto di apertura di ogni edizione la sua masterclass “Organo Pleno”, che è diventata così parte integrante dell’offerta del Settembre Musicale.

Nel 2021, conclusa la 44° edizione, l’Associazione Pro Musica – che dagli anni ‘80 si era occupata dell’organizzazione del Settembre Musicale – ha passato il testimone all’Accademia Organistica Tergestina, che ha accolto con entusiasmo l’onore di proseguire una tradizione così importante per la città.